Để tăng cường mối quan hệ phối hợp công tác giữa Thường trực HĐND, UBND và Ban thường trực Uỷ ban MTTQ Việt Nam huyện Côn Đảo, nhiệm kỳ 2016 – 2021 ngày càng hiệu quả, ngay từ đầu nhiệm kỳ, ngày 10/11/2016 Thường trực HĐND, UBND và Ban thường trực Uỷ ban MTTQ Việt Nam huyện Côn Đảo đã tiến hành ký kết quy chế phối hợp công tác giữa ba bên. Đến nay, sau hai năm thực hiện, đã tiến hành sơ kết để báo cáo tại Kỳ họp thứ Chín HĐND huyện.
Trong hơn hai năm qua, Thường trực HĐND, UBND và Ban thường trực Uỷ ban MTTQ Việt Nam huyện Côn Đảo đã phối hợp thực hiện tốt 6 nội dung mà Quy chế liên tịch đề ra. Đó là Xây dựng khối đại đoàn kết toàn dân tộc; Bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp, chính đáng của nhân dân; tổ chức tiếp xúc cử tri; Tham gia công tác bầu cử, giới thiệu hội thẩm nhân dân, xây dựng văn bản quy phạm pháp luật; Hoạt động giám sát; Hoạt động phản biện xã hội và Chế độ thông tin, hội họp.
Trong hoạt động của mình hai năm qua, Thường trực HĐND, UBND huyện đã tạo điều kiện để Ban thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện và các tổ chức thành viên động viên nhân dân tham gia xây dựng và củng cố chính quyền nhân dân, tổ chức thực hiện chính sách, pháp luật của Nhà nước, giám sát, phản biện xã hội đối với hoạt động của chính quyền địa phương. HĐND, UBND huyện lắng nghe, giải quyết và trả lời các kiến nghị của Ủy ban MTTQ huyện và các tổ chức thành viên về xây dựng chính quyền và phát triển kinh tế - xã hội ở địa phương.

Tại 6 Kỳ họp thường lệ của HĐND huyện từ đầu nhiệm kỳ đến nay, Ban thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện phối hợp với Thường trực HĐND huyện tổng hợp ý kiến, kiến nghị của cử tri và thông báo tại kỳ họp về những vấn đề nổi bật của địa phương, kiến nghị với HĐND, UBND huyện. Đồng thời, ba bên phối hợp tổ chức tốt các hội nghị đại biểu dân cử ba cấp tiếp xúc với cử tri, hướng dẫn các Ban MT khu dân cư phối hợp với các Tổ đại biểu HĐND huyện giữ mối quan hệ với cử tri.
Về công tác bầu cử, giới thiệu hội thẩm nhân dân, tại Kỳ họp thứ nhất của HĐND huyện, Ban thường trực Uỷ ban MTTQ Việt Nam huyện tổ chức hiệp thương, lựa chọn, giới thiệu danh sách người ứng cử để bầu làm Hội thẩm nhân dân của Toà án nhân dân huyện. Trong quá trình xây dựng các dự thảo Nghị quyết của HĐND huyện có liên quan đến quyền và trách nhiệm của các tổ chức chính trị - xã hội, quyền và lợi ích của nhân dân địa phương, Thường trực HĐND huyện đều gửi dự thảo đến Ban thường trực Uỷ ban MTTQ Việt Nam để tham gia ý kiến và tiếp thu và phản hồi theo quy định của pháp luật.
Về hoạt động giám sát, hàng năm Thường trực HĐND huyện đều đề nghị Ban Thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện gửi kiến nghị giám sát để trình HĐND huyện quyết định. Ban thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện được mời và cử đúng đối tượng tham gia hoạt động giám sát của HĐND huyện. Trong hoạt động giám sát của Mặt trận, Thường trực HĐND và UBND huyện đã tạo điều kiện, cung cấp thông tin, tài liệu cần thiết theo yêu cầu, cử người tham gia và tạo điều kiện để Ban Thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện thực hiện giám sát, xem xét, giải quyết kiến nghị sau giám sát theo quy định của pháp luật.
Thường trực HĐND huyện phối hợp với Ban Thường trực Ủy ban Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện, các tổ chức thành viên của Mặt trận theo dõi hoạt động của đại biểu và giúp đại biểu HĐND làm tốt chức trách, nhiệm vụ đại biểu. Trước khi HĐND huyện tiến hành việc lấy phiếu tín nhiệm đối với người giữ chức vụ do HĐND bầu, Thường trực HĐND huyện đề nghị Ban thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện tổng hợp ý kiến, kiến nghị của cử tri và nhân dân liên quan đến người được lấy phiếu tín nhiệm theo quy định pháp luật.
Về hoạt động phản biện xã hội đối với dự thảo kế hoạch, chương trình, nghị quyết của HĐND, UBND huyện có liên quan trực tiếp đến quyền và lợi ích hợp pháp, chính đáng của nhân dân như Hội nghị chuyên đề về “Kế hoạch phát triển giáo dục, đào tạo giai đoạn 2017 – 2021, tầm nhìn đến năm 2030” và Nghị quyết chuyên đề về việc thực hiện thí điểm chủ trương “Cha mẹ học sinh đóng góp một phần để chi trả hợp đồng thuê giáo viên trực tiếp giảng dạy, chăm sóc và giáo dục trẻ mầm non năm học 2018 – 2019 khi thiếu hụt số lượng người làm việc tối thiểu do trẻ đến trường tăng” của HĐND huyện, Ban thường trực Ủy ban MTTQ huyện đều phản biện nhằm tạo sự đồng thuận xã hội.
Thường trực HĐND, UBND huyện gửi dự thảo văn bản cần phản biện xã hội và cung cấp thông tin, tài liệu cần thiết, cử người có trách nhiệm tham dự hội nghị phản biện xã hội hoặc tham gia đối thoại khi Ban thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện yêu cầu, trả lời bằng văn bản đối với kiến nghị của Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện, báo cáo ý kiến phản biện xã hội của MTTQ Việt Nam với cơ quan, tổ chức có thẩm quyền ban hành văn bản
Về chế độ thông tin, hội họp, hàng tháng gửi đến Uỷ ban MTTQ Việt Nam huyện báo cáo về tình hình hoạt động của HĐND huyện. Đồng thời, Uỷ ban MTTQ Việt Nam huyện thực hiện chế độ thông báo bằng văn bản đến Thường trực HĐND và UBND huyện về tình hình nhân dân và hoạt động của Uỷ ban MTTQ Việt Nam huyện, của các tổ chức thành viên và những kiến nghị của nhân dân, của Uỷ ban MTTQ Việt Nam huyện. Cả ba bên đều được mời tham dự các phiên họp có liên quan, các hội nghị sơ kết, tổng kết của mỗi bên. Chủ tịch Uỷ ban MTTQ Việt Nam huyện được mời dự kỳ họp HĐND huyện, hội nghị hàng tháng của Thường trực HĐND huyện, các phiên họp của UBND huyện khi bàn về các vấn đề có liên quan đến quyền và trách nhiệm của MTTQ, đến những vấn đề có liên quan đến quyền và trách nhiệm của đông đảo nhân dân. Tại các kỳ họp HĐND huyện, Chủ tịch Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện thông báo về hoạt động của MTTQ tham gia xây dựng chính quyền, ý kiến, kiến nghị của nhân dân địa phương; đề xuất, kiến nghị của MTTQ và các thành viên với HĐND, UBND huyện những vấn đề cần thiết, bức xúc của địa phương. Nội dung này là tài liệu chính thức của kỳ họp; Thường trực HĐND, UBND huyện có trách nhiệm tiếp thu, giải trình các ý kiến, kiến nghị của Chủ tịch Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện.
Nghiêm túc đánh giá tình hình thực hiện Quy chế phối hợp trong hơn hai năm qua, vẫn còn những mặt tồn tại như Thường trực HĐND huyện chưa được mời tham gia phối hợp với UBND, Ban thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện thực hiện việc tổ chức bầu cử Trưởng khu dân cư, Tổ trưởng Tổ dân cư theo chức năng, nhiệm vụ và theo quy chế liên tịch đã đề ra. Qua nửa nhiệm kỳ hoạt động, phần lớn đại biểu HĐND huyện đã phấn đấu thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của người đại biểu dân cử theo luật định; bên cạnh đó, còn một số ít đại biểu HĐND huyện chưa làm tốt vai trò, trách nhiệm của mình như Chương trình hành động đã hứa hẹn với cử tri khi ứng cử, nhưng Ban Thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện chưa mạnh dạn phản ánh kịp thời đến Thường trực HĐND huyện. Về điều kiện bảo đảm hoạt động của Ủy ban Mặt trận Tổ quốc Việt Nam huyện khi có các hoạt động đột xuất, hoạt động phát sinh mới nhưng chưa được bố trí kinh phí, Ban thường trực Uỷ ban MTTQ Việt Nam huyện và các tổ chức thành viên chưa thực hiện đúng theo quy chế liên tịch mà ba bên đã cam kết. 
Nhìn chung, qua nửa nhiệm kỳ, Thường trực HĐND, UBND và Ban thường trực Uỷ ban MTTQ Việt Nam huyện Côn Đảo đã thực hiện tương đối đầy đủ và nghiêm túc những nội dung mà ba bên đã cam kết trong Quy chế phối hợp công tác giữa Thường trực HĐND, UBND và Ban thường trực Uỷ ban MTTQ Việt Nam huyện Côn Đảo, nhiệm kỳ 2016 - 2021, số 01/QC-HĐND-UBND-UBMTTQ ngày 10/11/2016, từng bước đưa việc thực hiện các mối quan hệ phối hợp công tác ngày càng đi vào nền nếp, đạt hiệu quả và chất lượng cao hơn.